به سال 1333 ه.ش در شهرستان میاندوآب در یك خانواده مذهبی و با ایمان متولد شد. در دوران كودكی، مادرش را – كه بانویی باایمان بود – از دست داد. تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در ارومیه به پایان رسانید و در دوره دبیرستان (همزمان با شهادت برادرش علی باكری به دست دژخیمان ساواك) وارد جریانات سیاسی شد.
فعالیت های سیاسی – مذهبی
پس از اخذ دیپلم با وجود آنكه از شهادت برادرش بسیار متاثر و متالم بود، به دانشگاه راه یافت و در رشته مهندسی مكانیك مشغول تحصیل شد. از ابتدای ورود به دانشگاه تبریز یكی از افراد مبارز این دانشگاه بود. او برادرش حمید را نیز به همراه خود به این شهر آورد. شهید باكری در طول فعالیت های سیاسی خود (طبق اسناد محرمانه بدست آمده) از طرف سازمان امنیت آذربایجان شرقی (ساواك) تحت كنترل و مراقبت بود. پس از مدتی حمید را برای برقراری ارتباط با سایر مبارزان، به خارج از كشور فرستاد تا در ارسال سلاح گرم برای مبارزین داخل كشور فعال شود.
شهید مهدی باكری در دوره سربازی با تبعیت از اعلامیه حضرت امام خمینی( رحمت الله علیه ) – در حالی كه در تهران افسر وظیفه بود – از پادگان فرار و به صورت مخفیانه زندگی كرد و فعالیت های گوناگونی را در جهت پیروزی انقلاب اسلامی نیز انجام داد.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی
بعد از پیروزی انقلاب و به دنبال تشكیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به عضویت این نهاد در آمد و در سازماندهی و استحكام سپاه ارومیه نقش فعالی را ایفا كرد. پس از آن بنا به ضرورت، دادستان دادگاه انقلاب ارومیه شد. همزمان با خدمت در سپاه، به مدت 9 ماه با عنوان شهردار ارومیه نیز خدمات ارزنده‌ای را از خود به یادگار گذاشت. ازدواج شهید مهدی باكری مصادف با شروع جنگ تحمیلی بود. مهریه همسرش اسلحه كلت او بود. دو روز بعد از عقد به جبهه رفت و پس از دو ماه به شهر برگشت و بنا به مصالح منطقه، با مسئولیت جهاد سازندگی استان، خدمات ارزنده‌ای برای مردم انجام داد.
شهید باكری در مدت مسئولیتش به عنوان فرمانده عملیات سپاه ارومیه تلاشهای گسترده‌ای را در برقراری امنیت و پاكسازی منطقه از لوث وجود وابستگاه و مزدوران شرق و غرب انجام داد و به‌رغم فعالیت های شبانه‌روزی در مسئولیتهای مختلف، پس از شروع جنگ تحمیلی، تكلیف خویش را در جهاد با كفار بعثی و متجاوزین به میهن اسلامی دید و راهی جبهه‌ها شد.
نقش شهید در دفاع مقدس
شهید باكری با استعداد و دلسوزی فراوان خود توانست در عملیات فتح‌المبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف در كسب پیروزیها موثر باشد. در این عملیات یكی از گردانها در محاصره قرار گرفته بود، كه ایشان به همراه تعدادی نیرو، با شجاعت و تدبیر بی‌نظیر آنان را از محاصره بیرون آورد. در همین عملیات در منطقه رقابیه از ناحیه چشم مجروح شد و به فاصله كمتر از یك ماه در عملیات بیت‌المقدس ( با همان عنوان) شركت كرد و شاهد پیروزی لشكریان اسلام بر متجاوزین بعثی بود. در مرحله دوم عملیات بیت‌المقدس از ناحیه كمر زخمی شد و با وجود جراحتهایی كه داشت در مرحله سوم عملیات، به قرارگاه فرماندهی رفت تا برادران بسیجی را از پشت بی‌سیم هدایت كند.
در عملیات رمضان با سمت فرماندهی تیپ عاشورا به نبرد بی‌امان در داخل خاك عراق پرداخت و این بار نیز مجروح شد، اما با هر نوبت مجروحیت، وی مصممتر از پیش در جبهه‌ها حضور می‌یافت و بدون احساس خستگی برای تجهیز، سازماندهی، هدایت نیروها و طراحی عملیات، شبانه‌روز تلاش می‌كرد. در عملیات مسلم بن عقیل با فرماندهی او بر لشكر عاشورا و ایثار رزمندگان سلحشور، بخش عظیمی از خاك گلگون ایران اسلامی و چند منطقه استراتژیك آزاد شد.
شهید باكری در عملیات والفجرمقدماتی و والفجر یك، دو، سه و چهار با عنوان فرمانده لشكر عاشورا، به همراه بسیجیان غیور و فداكار، در انجام تكلیف و نبرد با متجاوزین، آمادگی و ایثار همه‌جانبه‌ای را از خود نشان داد. در عملیات خیبر زمانی كه برادرش حمید، به درجه رفیع شهات نایل آمد، با وجود علاقه خاصی كه به او داشت، بدون ابراز اندوه با خانواده‌اش تماس گرفت و چنین گفت: شهادت حمید یكی از الطاف الهی است كه شامل حال خانواده ما شده است. و در نامه‌ای خطاب به خانواده‌اش نوشت:
من به وصیت و آرزوی حمید كه باز كردن راه كربلا می‌باشد همچنان در جبهه‌ها می‌مانم و به خواست و راه شهید ادامه می‌دهم تا اسلام پیروز شود. تلاش فراوان در میادین نبرد و شرایط حساس جبهه‌ها، را از حضور در تشییع پیكر پاك برادر و همرزمش كه سالها در كنار بود بازداشت. برادری كه در روزهای سراسر خطر قبل از انقلاب، در مبارزات سیاسی و در جبهه‌ها، پا به پای مهدی، جانفشانی كرد.
نقش شهید باكری و لشكر عاشورا در حماسه قهرمانانه خیبر و تصرف جزایر مجنون و مقاومتی كه آنان در دفاع پاتكهای توان فرسای دشمن از خود نشان دادند بر كسی پوشیده نیست. در مرحله آماده‌سازی مقدمات عملیات بدر، اگرچه روزها به كندی می‌گذشت اما مهدی با جدیت، همه نیروها را برای نبردی مردانه و عارفانه تهییج و ترغیب كرد و چونان مرشدی كامل و عارفی واصل، آنچه را كه مجاهدان راه خدا و دلباختگان شهادت باید بدانند و در مرحله نبرد بكار بندند، با نیروهایش درمیان گذاشت.
داستانهای کوتاهی درباره نماز